Der Uchiha-Clan (団扇-閥族) hat ein eigenes Viertel in Konohagakure, da er sehr groß ist. Der Clan hat die Polizei in Konoha erbaut, doch nicht nur Uchihas waren Polizeimitglieder, sondern jeder, der höher als ein Genin war, durfte eintreten. Der größte Stolz des Clans war Itachi. Er war der Stärkste des Clans, wenn nicht sogar der Stärkste Konohas. Er beendete die Akademie mit sieben Jahren, wurde mit zehn Jahren Chūnin und mit 13 Truppenführer einer Anbu-Einheit.
Je höher Itachi im Rang stieg, umso arroganter wurde er. Itachi hat den ganzen Clan, mit Ausnahme seines kleinen Bruders Sasuke, auf Befehl Konohas ausgelöscht. Dieser wusste den wahren Grund für das Massaker jedoch nicht und er machte es sich zum Ziel, seinen so verhassten Bruder zu töten, was ihm letztendlich auch gelang. Erst danach erzählte ihm Madara Uchiha, dass Itachi den Auftrag erhalten hatte, den Clan auszurotten.

Das Erbe der Uchiha ist das Sharingan. Es hat verschiedene Formen. Die stärkste Form ist das Mangekyō Sharingan, welches man nur bekommen kann, wenn eine einem sehr nahe stehende Person tötet (bzw. man zusieht, wie sie stirbt). Obito Uchiha gibt Kakashi das Sharingan, da Kakashis linkes Auge bei einem Kampf von einem Schwert durchschnitten wurde, woher auch seine Narbe kommt. Später bekommt Kakashi eine Abwandlung des Mangekyō Sharingans, weil er nicht seinen besten Freund getötet hat, sondern weil er es miterlebt hatte, als er starb. Itachi löschte später den gesamten Clan auf Befehl von Konohagakure aus. Der Auftraggeber waren der Dritte Hokage Sarutobi, Danzō und die zwei Ältesten, wobei der Dritte Hokage nicht begeistert davon war, aber überstimmt wurde, doch hatte er Itachi versprochen, auf Sasuke aufzupassen.
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